结构式格式互转工具使用说明
在化学信息学中,分子结构有多种文本表示格式,最常见的是 SMILES、Mol(MOL/SDF)和 InChI。不同软件和数据库对格式的偏好不同,经常需要在它们之间来回转换。本工具帮助你在 SMILES、Mol 和 InChI 三种格式之间一键互转,并顺带给出分子式、分子量和 InChIKey 等常用信息,还可导出 XYZ 坐标文件。
支持的格式简介
- SMILES:用一串字符描述分子结构,简洁直观,广泛用于数据库检索和脚本处理。例如乙醇写作
CCO。
- Mol(MOL):MDL 定义的分子文件格式,包含原子坐标、键连接等信息,是 ChemDraw 等软件通用的交换格式;多个 Mol 块串联即为 SDF 文件。
- InChI:IUPAC 制定的国际化合物标识符,由算法从结构生成,唯一且规范;InChIKey 是其 27 位哈希压缩形式,便于快速索引。
- XYZ:最简洁的坐标格式,每行一个原子(元素符号 + 三维坐标),广泛用于结构可视化和计算化学。注意本工具导出的 XYZ 为 2D 坐标(z=0),不含键连关系和 3D 构象。
如何使用
- 在输入框中粘贴 SMILES、Mol 块或 InChI 字符串。
- 系统会自动识别输入格式;如识别有误,可通过下拉框手动指定格式。
- 点击「转换」,即可在下方看到结构图、分子式、分子量,以及另外几种格式的文本。
- 每个输出框都有「复制」按钮,Mol 格式还可单独下载为 .mol 文件。
批量转换
切换到「批量转换」标签,可一次处理多个结构式。SMILES 和 InChI 用 || 分隔,Mol 格式用 $$$$ 分隔(即 SDF 标准记录分隔符)。批量时请使用同一种格式,系统会按第一个结构式自动识别。转换结果以表格形式展示(编号、结构图、SMILES、InChI、分子式、分子量),并支持下载为 CSV 或 SDF 文件。一次最多处理 100 个。
常见问题
问:为什么我的输入解析失败?
答:请检查输入是否完整。SMILES 不能有残缺的括号或多余空格;Mol 块需包含完整的 V2000 计数行和原子/键列表;InChI 需以 InChI=1S/ 开头。若自动识别有误,可用下拉框手动指定格式。
问:数据会上传到服务器吗?
答:不会。本工具使用本地渲染引擎在浏览器内完成全部转换,你输入的分子结构不会被上传到任何服务器,可放心用于保密结构。
问:InChIKey 有什么用?
答:InChIKey 是 InChI 的 27 位哈希压缩形式,固定长度、无特殊字符,特别适合作为数据库主键、文件名或在 URL 中传递,避免长 InChI 带来的不便。
问:支持立体化学信息吗?
答:支持。SMILES 中的 @、@@ 等立体标记、Mol 中的手性信息、InChI 中的立体层都会被保留并正确转换。
问:批量转换用什么分隔符?
答:SMILES 和 InChI 用两个竖线 || 分隔;Mol 格式用 $$$$ 分隔(SDF 标准记录分隔符)。选择这些分隔符,是因为它们都不会与结构式本身的内容冲突。
问:批量转换可以混合不同格式吗?
答:为保解析准确,批量转换请统一使用同一种格式(如全是 SMILES)。系统按第一个结构式识别格式,并对后续每个结构式用同一规则解析。